Kỳ thi THPT quốc gia năm 2016 có một số điểm mới so với kỳ thi năm trước, trong đó có việc đổi mới về tổ chức cụm thi và các điểm thi sẽ được tổ chức ngay trong tỉnh. Trong kỳ thi này, thị xã Mường Lay có 119 học sinh sẽ tham gia dự thi tại 2 cụm thi. Trong đó có 28 em dự thi tại Cụm thi do Học viện Ngân hàng chủ trì tại TP Điện Biên Phủ dành cho học sinh xét tốt nghiệp THPT và xét Đại học, Cao đẳng và 91 em thi tại cụm thi do Sở GD và ĐT tỉnh Điện Biên chủ trì tại điểm thi trường THPT thị xã Mường Lay dành cho học sinh xét tốt nghiệp THPT.

Tại điểm thi các thí sinh được phổ biến rõ quy chế trước khi vào phòng thi. Theo quy chế, thí sinh tham dự kỳ thi THPT Quốc gia 2016 chỉ được mang vào phòng thi: bút viết, bút chì, compa, tẩy, thước kẻ, thước tính, máy tính bỏ túi không có chức năng soạn thảo văn bản và không có thẻ nhớ, các loại máy ghi âm ghi hình chỉ có chức năng ghi thông tin mà không truyền được thông tin và không nhận được tín hiệu âm thanh, hình ảnh trực tiếp nếu không có thiết bị hỗ trợ khác. Thí sinh không được mang vào phòng thi vũ khí, chất gây nổ, gây cháy, đồ uống có cồn, giấy than, bút xóa, tài liệu, thiết bị truyền tin hoặc chứa thông tin có thể lợi dụng để gian lận trong quá trình làm bài thi.

Thí sinh tuyệt đối không mang điện thoại di động vào phòng thi. Nếu mang điện thoại di động vào phòng thi, dù đã tắt nguồn và không sử dụng, nếu bị phát hiện thí sinh cũng sẽ bị đình chỉ thi. Nếu mang theo điện thoại di động, thí sinh có thể gửi điện thoại di động cho những sinh viên tình nguyện tại điểm thi đó, hoặc để ở nơi mà cán bộ coi thi hướng dẫn.

Thầy giáo Hoàng Công Huy, Hiệu trưởng Trường THPT thị xã Mường Lay, Phó Chủ tịch Hội đồng thi thị xã Mường Lay cho biết: Trong ngày 30/06 tất cả các thí sinh dự thi đến điểm thi để làm thủ tục dự thi, mỗi phòng thi có hai cán bộ giáo viên hướng dẫn quy chế, phát thẻ cho thí sinh và phổ biến cho thí sinh những điều cần biết trong kỳ thi. Quan điểm chỉ đạo xuyên suốt của Sở Giáo dục và Đào tạo là phải tổ chức kỳ thi nghiêm túc, nhưng phải tạo điều kiện thuận lợi tốt nhất cho thí sinh để giảm được tâm lý căng thẳng cho thí sinh để  các em có tâm lý thoải mái nhất trong làm bài. Các điều kiện về cơ sở vật chất như: phòng thi, trang thiết bị trong phòng thi, các thiết bị, dụng cụ văn phòng phẩm cũng đã được chuẩn bị đầy đủ, chu đáo.

Công tác đảm bảo an ninh trật tự, y tế và  đảm bảo giao thông... được đảm bảo. Ngày 01/07/2016 các thí sinh bước vào ngày thi thứ nhất buổi sáng thi Toán, chiều thi Ngoại ngữ, tuy nhiên tại thị xã Mường Lay, các thí sinh dự thi sẽ được miễn thi môn Ngoại ngữ và được phép chọn môn thi thay thế trong các môn tự chọn.